החזר מס הכנסה הוא סכום שנגבה כמס הכנסה ומוחזר על ידי רשות המיסים לנישום, לאחר שהתברר שהמס שנגבה עולה על הנדרש בחוק.
עבור שכיר, גביית יתר יכולה להתקיים כאשר השכיר עובד בשני מקומות עבודה במקביל. במקרה כזה עליו לקבל מסמך תיאום מס ממס הכנסה שבעזרתו יכולים מעסיקיו לדעת מה שיעור המס שישולם מדי חודש בחודשו. בסוף השנה יכולים להיות הבדלים בין המס בו חויב הנישום למה המס ששולם בפועל. גם בעת החלפת מקום עבודה במהלך השנה ייתכן שהמס שנוכה גבוה מזה שנדרש בחישוב שנתי. החזר מס יכול להתקיים גם במקרה שהנישום לא עדכן (את המעסיק אם שכיר או את ייעוץ המס אם עצמאי) בכל הקלות המס המגיעות לו. פקודת מס הכנסה מעניקה הטבות מס המקטינות את חבות המס ומתקבלות ממגוון סיבות כגון: תואר אקדמי, ביטוח חיים, ילדים, שחרור משירות חובה, קצבאות מביטוח לאומי, פעילות בשוק ההון וכו'. לא תמיד העובד מודע לזכותו להטבות אלה, ולכן אינו מביאן לידיעת מעסיקו, ומשלם מס יתר. נישום שנוכה ממנו יותר מס משהוא חייב בו יכול לבקש החזר מרשות המיסים, באמצעות הגשת דו"ח שנתי.